¿Es posible anular solo una parte del archivo js (activo) de otro complemento / tema??

Desafortunadamente, no, puede quitar el archivo de la cola como sugiere la respuesta de otras preguntas y poner en cola su propia versión; de lo contrario, deberá cargarlo y luego intentar modificar el código cargado en tiempo de ejecución, lo que casi siempre no es factible.